Não tenho certeza se você está perguntando se deve particionar o sistema operacional separadamente dos backups ou se está perguntando se deve particionar os backups em partes menores.
Primeiramente, eu recomendo separar o sistema operacional dos backups. E se o sistema operacional fosse corrompido e você precisasse restaurar? Isso seria uma dor para seus backups. Além disso, (supondo que você esteja usando o Linux) você pode montar seus backups sem nenhum "suid" para aumentar a segurança, etc ...
Em segundo lugar, como os backups serão realizados? Como será a árvore de arquivos? Tudo será armazenado em um diretório simples enorme ou haverá subdiretórios? Isso ajudará a determinar sua estrutura de partições.
Em terceiro lugar, você considerou um RAID 6 em vez de um RAID 5? Se você está indo para backups (e desempenho não é um problema), então este pode ser o melhor caminho a percorrer. Um RAID 6 ...
extends RAID 5 by adding an additional parity block; thus it uses block-level striping with two parity blocks distributed across all member disks. (Wikipedia)
Ele fornece a proteção adicional de permitir que duas unidades falhem, em vez de 1, durante a reconstrução da unidade.