Não sou realmente uma pessoa com falha no servidor, mas tenho grande respeito pelo mecanismo de SO e por todas as instâncias dele. Eu tive o problema descrito aqui e, eventualmente, resolvi isso.
No meu caso, /etc/rc2.d foi ignorado porque meu sistema estava usando /etc/init.d/.depend.start. Eu o editei manualmente e as alterações que fiz nesse arquivo NÃO foram ignoradas.
Descobri isso rastreando o script /etc/init.d/rc e a seção FILES no final da página do manual startpar. Eu realmente queria que isso tivesse sido menos obscuro e silencioso. Parece que não é uma mudança recente, mas nunca corri para ela, possivelmente porque usei repositórios estáveis ultimamente. Ou porque o apt-get estava fazendo o seu trabalho e eu não tive que alterar as configurações manualmente.
No entanto, pode não ser o problema descrito neste tópico. O autor mencionado usando S19 corrigiu seu problema, o qual eu não posso fazer sentido. De qualquer forma, espero que isso seja útil para alguém. Verifiquei muitos tópicos e não encontrei a solução em nenhum lugar.