Where is the appropriate place to store its files? Application consists of executable, some config files and startup script. But I don't want to spread it accross the filesystem just store in single folder for convenience since app is under heavy development. My guess would be to create new dir under /var. Right now I store it in my home folder.
Acredito firmemente que você deve seguir o FHS especialmente enquanto o desenvolvimento é pesado, você deve desenvolver o seu aplicativo para seguir os padrões para que possa ser usado na produção. A configuração pertence a / etc, binários geralmente sob / usr / bin, dados por usuário em / home, dados compartilhados em / var ou / srv. Se você quiser que tudo pareça estar em uma única pasta, use os links simbólicos para que tudo pareça estar em um único local. Comece a desenvolvê-lo corretamente no começo, e você não vai encontrar nenhuma pegadinha esquisita no futuro quando perceber que tomou uma decisão ruim, que exigiria muito esforço para fazer tudo certo.
No melhor mundo, seu aplicativo pode ser facilmente reconfigurado e nenhum caminho foi criado. Facilite a movimentação da configuração, dos dados para qualquer lugar que seja apropriado.
Do I need to create separate user for it?
Depende completamente do aplicativo, mas você deve evitar que os serviços sejam executados como root sempre que possível. Você também deve evitar executá-lo como sua conta pessoal.