Resposta rápida, não!
Mover coisas como nginx, php etc. não é uma boa ideia. Você vai acabar com um banco de dados corrupto RPM (presumindo que você tenha instalado esses aplicativos via rpm) e você poderia acidentalmente sobre escrever arquivos de configuração existentes (como passwd / fstab etc). Tentando encontrar um atalho para fazer isso só vai levar a desperdiçar mais tempo tentando confundir coisas juntos.
A melhor maneira de migrar é acessar seu servidor antigo e ver quais arquivos você realmente precisa mover. Aplicativos devem ser instalados da mesma maneira que você fez na máquina antiga, yum install ou qualquer outra coisa. Tente manter os mesmos níveis de patch principais, se possível, para evitar novas versões e um novo servidor para solucionar problemas. Para que os arquivos sejam copiados, não deve ser complicado encontrar o que você precisa, em nginx / php deve haver somente os arquivos de configuração, módulos adicionais de php / pear e obviamente sua árvore de aplicativos da web para copiar. Para migrar o banco de dados MySQL use mysqldump e restaure o dump na máquina remota, se você tiver customizado my.cnf, certifique-se de copiar o arquivo também.
Tenho certeza de que esqueci algo nessa lista, mas você entende o conceito, basta ser metódico e passar pelo que precisa fazer. Faça o máximo possível e, ao fazer a transição para a nova máquina, basta copiar o novo banco de dados e os arquivos que precisam ser atualizados, os arquivos de configuração já devem estar no lugar.