Quando você cria um site no IIS, atribui a ele um pool de aplicativos, ao acessar as configurações avançadas (no IIS7) do pool de aplicativos, é possível selecionar a versão da estrutura a ser usada - essa lista suspensa deve permitir a seleção de v1. 1 se estiver instalado.
Sendo IIS7, talvez seja necessário alterar algumas configurações (por exemplo, acho que você precisará definir o Modo de Pipeline Gerenciado como "Clássico" em vez de "Integrado".) Isso deve compensar alguns dos diferenças de configuração - no entanto, você pode encontrar problemas conflitantes que podem ser gerenciados apenas alterando manualmente o arquivo de configuração de sites ou algumas outras partes do projeto que não são compatíveis.