O problema foi apenas um mal-entendido; Eu pensei que o assunto para reescrever é implicitamente tomado como URI.
A adição de [PT]
mudou o comportamento, o que resolveu meu problema:
RewriteRule ^/licensecheck.php$ /cgi-bin/pct-expired.pl [T=application/x-httpd-cgi,L,PT]