Quando o shell ainda tem trabalhos parados em segundo plano. Use jobs para ver os trabalhos atuais e fg %<n> para trazer um trabalho para o primeiro plano, para que você possa finalizá-lo.
[root@ ]# logout
There are stopped jobs.
[root@ ]#
Por isso, preciso de logout duas vezes para efetuar o logout.
Quando isso acontecerá?
Você está sendo impedido de fazer logoff porque suspendeu uma tarefa durante a sessão de console, provavelmente usando CTRL-Z. Esta tarefa ainda está ativa, mas está suspensa em segundo plano.
O comando fg trará a tarefa de volta ao primeiro plano e permitirá que você a mate, ou descubra o que está acontecendo.