Sim, você pode usar o MySQL Workbench para gerenciar um servidor de produção. Se você fizer isso, eu normalmente abro uma regra no firewall do servidor de produção para que a porta 3306 seja acessível a partir da minha área de trabalho, mas não de mais ninguém (eu uso servidores de nuvem do Amazon EC2). Então, eu uso o MySQL Workbench para administrar remotamente a instância do MySQL.