Indiscutivelmente, você está tentando usar um sistema de controle de revisão para fazer o gerenciamento de configuração. Esses são dois tipos muito diferentes de atividades. Eu acho que a abordagem que você está tomando não vai escalar bem, e levará a quantidades significativas de frustração. Você seria mais bem servido para encontrar uma solução de gerenciamento de configuração (há algumas opções bem desenvolvidas: cfengine, puppet, chef, etc), e então ter sua solução de gerenciamento de configuração extrair suas receitas e / ou arquivos de configuração do sistema de controle de revisão. Ele lhe dará o mesmo efeito que você parece estar procurando, mas terá as ferramentas certas trabalhando nas partes apropriadas do problema.