Se você estiver usando o SCSI Attached Storage, é possível que o CD tenha carregado o módulo do kernel correto para o processo de instalação, mas o processo de instalação não compila o driver SCSI no kernel. A unidade de CD é provavelmente SATA, que é compilada no kernel que é carregado a partir do CD (e é por isso que você pode inicializar a partir dele). Se o driver SCSI for compilado como um módulo, o kernel não poderá ver o dispositivo de inicialização.
Inicialize a partir do CD novamente e execute lspci e lsmod para encontrar o módulo do driver SCSI. Montar suas partições e apt-get suas fontes de kernel. Copie sua configuração atual do kernel de / boot para o diretório de fontes do kernel como .config. Agora encontre seu driver SCSI no arquivo .config e mude-o de M para Y, então recompile o kernel e substitua o seu kernel existente.