Tente reconfigurar para usar o Apache 2:
$ sudo dpkg-reconfigure phpmyadmin
Tente limpar o phpmyadmin:
$ sudo apt-get purge phpmyadmin
$ sudo rm -rf /etc/phpmyadmin
$ sudo apt-get install phpmyadmin
Além disso (configure manualmente o Apache2):
$ sudo ln -fvs /etc/phpmyadmin/apache.conf /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf
$ sudo service apache2 restart