Eu tentaria algumas coisas, mas certifique-se de que estar cheio é o seu problema. Normalmente o Mysql armazena dados em / var / lib / mysql e não usa / para muito além de / tmp.
Primeiro, tente limpar algum espaço. Excluir logs antigos de / var / log / ou bater o código src que você baixou e nunca usou. Se você puder obter / descer para menos de 100%, o Mysql poderá retornar a um estado em que não está encravado.
Supondo que você tenha limpado algum espaço, tente limpar os logs. Eu tentaria PURGAR REGISTOS BINÁRIOS ANTES DE DATE_SUB (NOW (), INTERVAL 3 DAY); da linha de comando do Mysql. Se ele ainda parar depois de dez minutos, você provavelmente precisará desligar o Mysql se puder ou matá-lo se não puder.
Normalmente, nunca é uma boa ideia excluir registros manualmente, mas, nesse caso, pode ser sua única opção. Exclua o log mais antigo e tente reiniciar o Mysql. Provavelmente terá que fazer algumas verificações de tabela. Fique de olho no log de erro do mysql até que ele esteja funcionando corretamente. Em seguida, tente limpar os registros novamente.
Assim que estiver em funcionamento, certifique-se de que expire_logs_days esteja realmente configurado, verificando as variáveis de show; em Mysql. Você também pode querer definir max_binlog_size = 100M se o seu sistema de arquivos for pequeno. Normalmente, o Mysql roda logs em 1G, o que pode não ser suficiente. O Mysql só gira os logs quando o log atual atinge o tamanho máximo.