Não há absolutamente nenhum problema em mover o servidor Exchange para uma UO diferente. Não é confiar nessa UO de computadores para nada e não conseguir nada com isso. Os únicos GPOs que estão obtendo são os que se aplicam a todo o domínio e seu site, que receberiam de qualquer maneira. Apenas certifique-se de não descartá-lo em uma UO com políticas funky que você não deseja aplicar ao seu servidor Exchange.
Minha recomendação, na verdade, seria movê-lo para fora da UO Computers. Você quer seu AD organizado, são e gerenciável. Você não conseguirá isso deixando computadores na OU padrão de computadores.