Confira o clonezilla para fazer um backup básico do seu sistema.
Tenha em mente, no entanto, que isso pode não ser necessário. É muito provável que você consiga fazer apenas um backup de seus dados. Se algo der errado, basta configurar um novo servidor a partir do zero e colocar seus dados nele. você poderia fazer isso antes do tempo usando clonezilla (ou heck, apenas kickstart) para desenvolver uma configuração que corresponda ao seu servidor existente, exceto para os dados do usuário. Dessa forma, se você tiver que configurar um novo servidor para substituir o existente, você já terá salvos todos os seus dados de configuração.