Você precisa adicionar um parâmetro da JVM:
-Duser.timezone = EST
Adicione isto à variável JAVA_OPTS em setenv.sh (ou setenv.bat se você estiver no Windows) no subdiretório bin da sua instalação e reinicie o JIRA.
Meu servidor Ubuntu é EST, mas todos os horários em Jira são UTC.
Também é uma boa prática manter todos os sistemas em UTC, banco de dados e servidores.
O único local onde as pessoas devem usar o fuso horário local é o último passo, o cliente.
Caso contrário, mais cedo ou mais tarde você alcançará o ponto em que você alterou o datatime, especialmente ao migrar dados.
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