Sim, você pode.
Extraia seu tema para ~/themes
ou /usr/share/themes
Eu uso este comando para alterar manualmente o tema e o ícone no Ubuntu.
Abra o terminal Ctrl + Alt + T e execute o seguinte comando:
Pacote de ícones
gsettings set org.gnome.desktop.interface icon-theme 'theme'
Tema
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme 'theme'
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences 'theme'
gconftool-2 --set --type string /apps/metacity/general/theme 'theme'
Mude o tema 'com o seu nome do tema