O pool de aplicativos é o serviço da web implantado em sua instância iis. Eles podem ser serviços de back-end por trás de seu website ou de serviços front-end. De qualquer forma, se você estiver obtendo um tempo limite de uma instância do servidor SQL, isso significa que esses serviços da web estão perdendo sua conexão com o banco de dados ou se não respondem a essa sessão do banco de dados.
Ao atualizar o pool, você está fundamentalmente reiniciando o aplicativo e restabelecendo as conexões do banco de dados.