Como @Ency sugere:
rpm --verify --all
mostrará tudo o que mudou.
No entanto, sugiro instalar o "yum-verify" ou se ainda não estiver instalado e, em seguida, usar algo como:
yum verify --verify-filenames='*bin/*'
Isto é muito semelhante ao "rpm --verify", mas você pode restringi-lo a certos diretórios e o padrão é não mostrar as alterações no arquivo de configuração.
A saída não diz realmente de qual pacote é algo, então você precisa usar:
rpm -qf /full/path/to/file
ou
yum provides /full/path/to/file
para ver a qual pacote esse arquivo pertence
Então você poderia usar:
yum reinstall packagename
para reinstalar o RPM, mesmo que seja a mesma versão.
No entanto, eu recomendo fazer o backup dos arquivos que você precisa ( /home
, /etc
, '/ var /, etc.) e reinstalar tudo do zero. Pelo que você descreveu, eu suspeito que você não encontrará todos os problemas escondidos no sistema.