O alvo do Symlink precisa ser acessível pelos leitores. No seu caso ...
E:\
|- Folder1\
|- [share]Folder2\
|- slF1
Se 'slF1' apontar para "E: \ Folder1 \", os clientes não poderão acessá-lo. De fato, se você tivesse feito isso:
E:\
|- Folder1\
|- [share]Folder2\
|- Folder3\
|- slF3
E fez "slF3" um link para "E: \ Folder1 \ Folder3" ainda não funcionaria, pois os clientes não sabem como acessar "E: \". No entanto se você tivesse feito "slF3" um link para "\\ Server \ Share \ Folder3", ele funcionaria muito bem. Para que funcione da maneira que você quer que funcione:
E:\
|- [F1Share]Folder1\
|- [F2share]Folder2\
|- slF1
Feito "slF1" um link para \\ server \ F1Share \ e deve funcionar exatamente como você precisa.
mklink /D slF1 \Server\F1Share\
A coisa a ter em mente é que um link simbólico é um caminho que é seguido explicitamente pelos clientes, como se fosse um ícone de atalho. O que você vincula será o que os clientes tentam anexar. Os compartilhamentos não detectam links antes de atendê-los, os clientes precisam apoiá-los. Isso pode ser um problema com clientes mais antigos que não podem lidar com junções.
O motivo pelo qual o compartilhamento funciona diretamente é porque o Windows está realmente compartilhando E: \ Folder1 nessa instância, e o link simbólico nunca é tocado pelos clientes.