No gnome-terminal, se você clicar com o botão direito e segurar, você verá um menu de contexto. O primeiro item é o Open Terminal. É provável que você esteja movendo o mouse um pouco e soltando o botão, selecionando essa opção.
Editar:
Você pode editar o arquivo em /usr/share/gnome-terminal/terminal.xml
e reorganizar a ordem dos itens na seção <popup name="Popup" action="Popup">
. Você pode colocar Copiar e Colar nas posições de troca superiores com Abrir Janela e Abrir Guia.