Eu costumo deixá-lo como está. Se eu quiser que os usuários tenham determinados arquivos em seus diretórios pessoais, geralmente é melhor tomar essa decisão por usuário, após a criação da conta.
As exceções seriam para servidores de uso específico, como o preenchimento prévio do diretório public_html para um servidor de hospedagem compartilhada ou a criação da estrutura para um ambiente de junta chroot. Em geral, os arquivos padrão contêm opções bem pensadas, projetadas para funcionar de maneira eficaz no intervalo de casos de uso comuns a essa distribuição.