Qual distribuição você está usando? É provável que o módulo do kernel já esteja presente no seu sistema - você só precisa carregá-lo. Uma vez carregado, instale os binários userland do iptables do repositório de pacotes da sua distro e você estará pronto.
Adição - se você precisar instalar sem usar o sistema de gerenciamento de pacotes da sua distro, você vai querer saber que o módulo do kernel iptables faz parte da distribuição do kernel do linux, e tem sido há algum tempo . Você precisará descobrir como reconfigurar e recompilar o kernel e os módulos do seu sistema, se seguir esse caminho. Novamente, eu recomendaria strongmente contra isso, no entanto.