Depende do que sua licença diz realmente. Às vezes eles são muito específicos sobre colocar apenas em servidores que você "possui", mas se você anteriormente estava colocando em servidores alugados, então isso não é diferente.
Os dados do EC2 não são preservados se você encerrar a instância; no entanto, você pode usar um volume do EBS para armazenar seus dados (que persistem) ou criar uma AMI de instantâneo sempre que quiser preservar completamente seu servidor.
Os backups do EBS são bons para fazer backup de arquivos, enquanto um AMI é melhor para fazer backup de toda a configuração do servidor. Fazer os dois não te mataria também.