Não acho que exista uma interface da Web nativa para gerenciar os compartilhamentos do Windows (não sei se é uma boa ideia, de qualquer forma). Eu não tenho certeza do que você precisa para "gerenciar" o tempo todo - geralmente um compartilhamento é configurado uma vez e usado a partir desse ponto sem muito "gerenciamento".
Se você gosta da ideia de um método baseado na Web para acessar compartilhamentos de arquivos, talvez queira instalar os Serviços do SharePoint e pode configurar (e autenticar no Active Directory) bibliotecas de documentos entre usuários, grupos, etc. todos acessíveis via Internet Explorer interna ou externamente, dependendo de como os Sites estão configurados.