Seu comando está sendo executado localmente (afinal, você está executando o executável "hg" na máquina local). Os parâmetros são diretórios montados remotamente e se comportam como diretórios locais. Assim, o programa "hg" local funciona como se estivesse trabalhando com arquivos locais.
É "melhor" que o download / reupload? Eu não sei, isso depende de como o sistema operacional lida com a operação de "cópia" em diretórios remotos. Talvez tenha um primitivo para enviar um comando "copiar" para o servidor, mas eu realmente duvido disso.
Minha aposta é que ele está lendo toda a árvore de diretórios e, provavelmente, fazendo o download / upload de todo o conteúdo do arquivo.