Se você efetuou logout e não foi resolvido, provavelmente algumas de suas configurações foram corrompidas.
A maneira mais fácil de corrigir isso é com UbuntuTweak
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
Você pode ler mais sobre isso em webup8.org
A primeira página do programa se parece com isso:
Clique no Tweaks
e você verá:
Selecione Unity e clique na seta ao lado de Launcher Hide Mode
Como você está usando o Unity 2D, você terá a opção Auto-Hide
, que sempre o ocultará ou Intelli Hide
, que apenas o ocultará se uma janela estiver no caminho (A maneira como trabalhei tanto em 2D quanto em 3D até 12.04) apenas selecione uma das opções Hide
e, em seguida, efetue o logout e, em seguida, faça com que o ativador se oculte corretamente novamente.