Você pode instalar programas usando Objetos de Diretiva de Grupo e arquivos MSI de uma distribuição de programa. Implantando um MSI por meio do GPO .
Você também tem a opção de implantar qualquer software de controle remoto e. g. UltraVNC ou agendar a execução de programas usando o Agendador de Tarefas.
Esta questão é mais adequada para serverfault .