O resfriamento afeta a confiabilidade do disco rígido a muito .
Tenha cuidado com as unidades externas, a qualidade dos gabinetes varia muito em termos de fluxo de ar. Se você comprar uma unidade para uso constante durante todo o dia, meu palpite é que você está muito melhor com as unidades internas se tiver resfriamento suficiente no seu PC. A maioria dos drives externos que eu vi ficam muito quentes, mesmo que você os mantenha correndo à toa por algum tempo. Eu nem consideraria baixar torrents diretamente ou fazer coisas semelhantes com a maioria dos hdds externos.
Para o material do servidor que você está descrevendo, eu realmente utilizo unidades SATA internas, mesmo que apenas por confiabilidade. Além disso, o SATA fornecerá a você cargas métricas de velocidade de transferência com muito menos sobrecarga de CPU, comparado ao USB.