Parece que você pode querer ler um pouco sobre como as VLANs funcionam ( link para os começos) para obter uma melhor compreensão do que você está tentando fazer. Quando você começa a rodar PCs e telefones no mesmo cabo, seu problema se torna um pouco mais complexo (mas ainda assim muito viável).
Os roteadores e servidores para cada "lado" da rede seriam anexados às portas "untagged member" da VLAN a que pertencem. Portas não marcadas são realmente fáceis de entender - elas são basicamente como quebrar um switch Ethernet em múltiplos switches virtuais, cada um isolado do outro.
Como você afirmou, muitos telefones IP possuem switches Ethernet integrados para conexão no PC ao telefone. O telefone conecta-se de volta ao switch Ethernet do wiring closet. A porta de switch do wiring closet ao qual o telefone está conectado pode ter uma "VLAN de voz" configurada ou pode ser configurada como uma porta "VLAN trunk" com participação nas VLANs "PC" e "voice". Normalmente, o telefone lida com os quadros Ethernet vindos do PC para que o switch "veja" o PC como membro da própria VLAN. Isso é tipicamente negociado entre o switch do closet e o telefone, mas geralmente é necessária alguma configuração. Eu não sei de um switch que está configurado com uma VLAN de voz "fora da caixa".
Essa configuração varia de telefone para telefone e de switch para switch. Sem saber mais sobre sua infraestrutura, não posso fornecer instruções passo a passo.
Você pode querer pensar em fazer com que alguém venha ao site e o ajude com a configuração inicial. Conseguir isso desde o início dará aos usuários a experiência mais consistente e confiável. Começar uma nova implantação, especialmente algo sensível a condições ruins de rede, como VoIP, em uma nota amarga pode realmente prejudicar a percepção do usuário.