O Apache ignora os nomes dos arquivos, você deve definir os endereços IP nas definições do Host Virtual. Por exemplo, para o meu site, pupeno.com, tenho:
<IfModule mod_ssl.c>
<VirtualHost 97.107.141.29:443>
ServerName pupeno.com
DocumentRoot /var/www/pupeno.com
CustomLog /var/log/apache2/access-pupeno.com.log combined
SSLEngine On
SSLCertificateFile /etc/ssl/certs/pupeno.com.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/private/pupeno.com.pem
#SSLOptions +FakeBasicAuth +ExportCertData +CompatEnvVars +StrictRequire
</VirtualHost>
</IfModule>
Além disso, não há motivos para ter arquivos separados. Eu tenho um arquivo pupeno.com.conf que inclui a definição para hosts virtuais não-ssl e ssl pupeno.com. Pense no que você deseja ativar e desativar de uma só vez com o a2ensite e o a2dissite. Eu considero link e link a mesma coisa, portanto, é no pupeno.com .conf.