Para uma solução de virtualização leve, você deve olhar para VServer e OpenVZ. Nenhuma das outras soluções é tão leve.
Você pode executar coisas fora do USB, desde que você tome algumas precauções (devido a escrever usando). Você deve garantir que seus diretórios /tmp/
e /var/
estejam montados em uma partição gravável adequada. Esses dois diretórios ficam um pouco danificados e isso fará com que seu disco flash morra mais cedo.