Touching the mod_wsgi configuration file does the trick safely, but how to do it on multiple machines?
Isso seria resolvido usando uma base de código compartilhada, como de uma montagem NFS.
Como alternativa, ele deve fazer parte do processo de controle / implantação da versão.
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Você usa o controle de versão atualmente?
Nesse caso, crie um processo que garanta a atualização do arquivo. Você poderia automatizá-lo com um gancho post-commit, por exemplo.
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Como você implementa seu código?
Considere usar algo como Capistrano ou fantoche e inclua uma ação na sua receita de implantação para atualizar esse arquivo.