Eu não fiz todo o caminho para a causa raiz sobre isso, mas eu encontrei a fonte do problema. Eu tinha uma tabela muito grande de anexos sendo escrita com INSERT VALUES. Eu removi esta tabela e tentei apenas executar como um script SQL. Mas eu tenho um novo erro (que me escapa agora). Googling o novo erro me disse que o script era muito longo para ser executado sem aumentar a variável max_allowed_packet. Virar isso para um número realmente grande permitiu que o script fosse executado.