A palavra "site" significa algo no Active Directory. Parece-me que você está falando sobre a fusão de duas florestas do Active Directory.
Com essa pequena base de usuários, eu não me envolveria com a Ferramenta de Migração do Active Directory. Eu cortaria e queimaria.
Este é um resumo rápido e sujo do que você precisa fazer. Se você se sentir desconfortável com isso, faça uma simulação em máquinas virtuais primeiro até ficar confortável. Se você é realmente cauteloso, contrate um profissional. O lado do servidor desse processo deve levar apenas algumas horas. Se você tiver apenas alguns PCs em "site2", a desconexão / junção do domínio também não demorará muito.
(Sim, sim, outros leitores do Server Fault, isso poderia ser feito de um modo LOT mais elegantemente e sem exigir um "toque" manual nos computadores clientes usando algumas máquinas virtuais cuidadosamente implementadas, um script de inicialização usando a ferramenta "NETDOM", e alguma graxa de cotovelo, mas eu vou para a rota rápida, suja e fácil de entender aqui ...)
Eu me livraria da confiança de domínio, separaria os clientes em "site2" do domínio "other_city.my_real_domain.local" (não se esqueça de definir um "Administrator" conhecido em cada cliente enquanto faz isso), get livrar do domínio "other_city.my_real_domain.local" (executando "dcpromo" no servidor do site 2 e removendo o Active Directory) e promover o servidor "site2" como um controlador de domínio no domínio "my_real_domain.local".
Crie um "Site" na ferramenta "Serviços e Sites do Active Directory" para representar "site2". Associe-o ao objeto de link do site "DEFAULTIPSITELINK" durante a criação. Renomeie o site "Default-First-Site-Name" para um nome descritivo que represente "site1".
Crie uma sub-rede IP usando a mesma ferramenta para qualquer sub-rede IP usada nos sites e associe-os ao site certo.
Inicialmente, você precisará especificar o servidor no site1 como o servidor DNS do servidor site2 durante a promoção. Verifique se o DNS funciona na VPN antes de prosseguir com a promoção do servidor site2 como um controlador de domínio de réplica. (Você pode testar isso a partir do servidor "site2" usando o comando "nslookup" e especificando o servidor site1 em "nslookup" através do comando "server". Verifique se você pode resolver o nome do domínio usando o nslookup sobre a VPN antes de continuar.)
Após a conclusão da promoção no servidor site2, adicione o componente Servidor DNS a ele e configure-o para se referir a ele para o DNS. Configure o servidor DHCP para direcionar todos os clientes para o servidor "site2" para seu DNS.
Na ferramenta "Serviços e Sites do Active Directory", marque o servidor "site2" como um "Servidor de Catálogo Global" após a conclusão da promoção (nas "Propriedades" do nó "Configurações NTDS" abaixo do servidor).
Com tudo isso concluído, os clientes em "site2" precisarão ingressar no domínio "my_real_domain.local". Eles serão autenticados no servidor "site2", que contém uma cópia igual legível / gravável do Active Directory para o domínio "my_real_domain.local". Se a VPN falhar, os clientes ainda poderão fazer logon e acessar recursos locais.
Depois de fazer tudo isso, você estará fazendo coisas legais, como replicar pastas entre os sites usando DFS-R e outras divertidas.