Esta é uma adivinhação radical, mas você já verificou quantas tabelas temporárias em disco o Drupal está criando?
Eu já vi isso causar problemas de carga (iowait).
mysqladmin -u root -p ext -ri 30 | grep Created_tmp_disk
A primeira execução informará quantas tabelas temporárias em disco foram criadas desde a última reinicialização do MySQL. Em seguida, ele lhe dirá quantos são criados na janela de tempo de 30 segundos (até que você controle-C fora dele).
A solução (band-aid) é colocar o tmpdir do MySQL em um sistema de arquivos baseado em RAM (por exemplo, tmpfs).
Acho que o que estou sugerindo é que isso inicia a cascata - e as mensagens que você está vendo são apenas conexões abandonadas.
Felicidades