Se você tem acesso shell ao servidor (ou pode falsificá-lo), você pode ser capaz de ver a configuração do apache (ou outro httpd) ou a tabela de processos (fcgid) para dicas.
Também é possível que o shell php (cli) e o web php (cgi +) possam não ser a mesma versão ou usar a mesma configuração.
Aqui está uma observação sobre segurança cgi: link
que tem um comentário que diz:
"NOTA: A execução do PHP como um programa CGI irá alterar o valor de $ _SERVER ['SCRIPT_NAME']. Ao executar através do mecanismo mod_PHP (normal), ele será configurado para o nome do script PHP. Quando executado via CGI, ele irá apontar para o caminho do binário CGI. "
Eu suspeitava que haveria uma pista nas variáveis de tempo de execução, então vale a pena verificar.
hth,
adric