Sempre que se trata de atualizar o Ubuntu, existem várias maneiras de fazer isso. O que eu recomendaria (especialmente para manter a integridade de sua inicialização dupla) é abrir o "Update Manager" no menu Dash / menu Applications. Em seguida, execute a atualização para 12.04 que está listada perto do topo. Isso irá atualizar 12.04, mas não haverá efeito negativo em sua inicialização dupla.