Meu google-fu estava faltando anteriormente. A maneira de fazer isso é usando a ferramenta SETX:
SETX NEWVAR %systemroot%\system32\inetsrv /M
SETX PATH %PATH%;%NEWVAR% /M
Como modifico a variável de ambiente PATH do sistema usando script (ou até mesmo uma configuração de registro) para que, quando o Windows inicializar, ele já esteja configurado?
Você pode encontrar variáveis de ambiente em HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ Gerenciador de sessão \ Ambiente.