Fazemos isso o tempo todo. Uma das minhas maiores queixas sobre onde eu trabalho é que temos um espaço de DNS terrivelmente fragmentado. Temos domínios DNS para cada laboratório de informática (bh212lab, por exemplo). E o kicker é, a maioria dos laboratórios agora são dominados. Além disso, cada uma das nossas estações de trabalho normais tem seu domínio DNS primário em um domínio que não é do AD. As pessoas ainda não perceberam que o domínio do domínio já tem quase tudo.
De qualquer forma, isso é bem possível. Estamos fazendo de trás para frente o que você está fazendo (o domínio do AD é sub.domain.ourdomain.edu e a maioria das máquinas vive em algo como anotherdomain.ourdomain.edu), mas o mesmo princípio se aplica.
Você configura sua estação de trabalho da mesma forma que sempre fez, com a guia DNS configurada para pesquisar sub.mydomain.net e talvez domain.net também, se desejar. Configure sua zona DNS para sub.mydomain.net para resolver o endereço IP dessa estação de trabalho para algo em sub.mydomain.net.
Então você entra no domínio. Com o DNS Dinâmico, essa estação de trabalho se registrará no domínio domain.net. Isso não faz absolutamente nada para a entrada existente no sub.mydomain.net. Esta estação de trabalho poderá ser resolvida em dois domínios DNS separados.
Qual domínio recebe a pesquisa inversa depende de você e não acredito que seja importante.
Quando a estação de trabalho faz a resolução de recursos, ela pesquisa automaticamente no domínio DNS do domínio do AD, independentemente do que também esteja configurado.