Verifique o monitor de atividades para certificar-se de que você não tenha grandes rollbacks / transações em andamento.
Em segundo lugar, execute o SQL Server Profiler para descobrir o que está acontecendo na sua caixa.
Em terceiro lugar, verifique a memória alocada para o SQL Server, uma vez que uma memória bloqueada faz com que o uso do arquivo de paginação aumente o consumo da CPU.
Em quarto lugar, verifique se não há outro processo em execução no servidor que esteja destruindo a memória ou a CPU.
Depois disso, faça alguma otimização de consulta (índices, etc) se houver consultas demoradas acessando a caixa.