Você precisa executar o configure com argumento:
--with-pdo-mysql=/sw
/sw se você usar o Fink. Se você não fizer isso, altere para o caminho em que include/mysql.h e lib/libmysqlclient.la são ( locate mysql.h ajudará).
Se você quiser apenas adicionar a extensão PDO à instalação existente, faça o download da fonte PHP, vá para o diretório ext/pdo , execute:
phpize && ./configure && make && sudo make install
Isso criará e instalará o arquivo .so apropriado para você. Script irá dizer-lhe onde ele colocou. Às vezes, o diretório fica errado, portanto, assegure-se de que corresponda a extension_dir em seu php.ini .