Que tipo de subsistemas de disco cada um dos servidores possui? Sem saber muito mais sobre os servidores e o que está acontecendo no momento em que você realizou o teste, há realmente uma maneira de saber onde está o problema.
A princípio, parece que há um problema com o subsistema de disco, mas isso pode ser enganoso.
As CPUs podem estar ocupadas executando um backup compactado. Se o disco estiver em uma SAN e usar armazenamento compartilhado com um servidor de arquivos, o servidor de arquivos poderá passar por uma operação de desfragmentação noturna. O SQL Server pode estar reconstruindo todos os índices nesse banco de dados ou em outro banco de dados no servidor e essas operações estão tomando todos os recursos de disco.
Sem mais acesso ao SQL Server, você não conseguirá descobrir qual é o problema. Relate o problema à equipe de suporte e certifique-se de que eles realmente o acompanhem. Se a sua equipe de suporte for boa, eles já devem estar cientes do problema e trabalhar nele.