Você pode ter dois sites distintos usando o recurso virtualhost, por exemplo, (apenas parte de uma configuração muito maior ...)
<VirtualHost *>
ServerName fct
DocumentRoot /home/mas/www/fct
</VirtualHost>
<VirtualHost *>
ServerName frodch
DocumentRoot /home/mas/www/frodch
</VirtualHost>
Se você quiser se referir a parte da hierarquia de um site como outro, isso é possível da mesma forma, por exemplo, a segunda entrada acima poderia ser
<VirtualHost *>
ServerName frodch
DocumentRoot /home/mas/www/fct/frodch
</VirtualHost>
No entanto, dependendo do design do site, isso pode funcionar mal, já que as páginas da hierarquia 'frodch' provavelmente ainda teriam links, definidos como locais, para recursos que não estão na heirarquia do frodch (talvez para / img / ... ou /contacts.php e assim por diante) e estes não seriam acessíveis.
Uma abordagem mais simples pode ser não definir o novo domínio no host, mas usar o recurso de host de nome de domínio para, por exemplo, fazer um redirecionamento de HTTP para o novo nome de domínio para o subdiretório do domínio principal. Dessa forma, o usuário que seleciona o novo domínio chega à página de subdiretórios apropriada do site maior, mas ainda está dentro do site maior, de modo que todos os links e recursos estão disponíveis como de costume.