Parece que você não quer apenas controlar o esquema da versão, mas também os dados dentro desse esquema? Por que não script seu banco de dados para o esquema e, em seguida, use o SSIS para extrair seus dados em arquivos CSV. Você pode compactar esses arquivos e, em seguida, armazená-los no seu SCM de escolha.
Eu não recomendaria o Visual Source Safe, pois ele pode corromper muito facilmente o banco de dados de controle de versão. Dê uma olhada no Subversion através do TortoiseSVN for Win32
Desculpe se interpretei mal suas exigências. Mas eu não acho que você vai encontrar uma ferramenta, a versão controla todo o seu db - schema & db.