Você não deve ter problemas, a menos que haja algo errado com sua memória flash. Eu já fiz isso várias vezes e a única vez que um roteador antigo estava funcionando por um tempo não conseguia ler de flash na inicialização. Felizmente, a essa altura, estávamos apenas sentados em nosso laboratório de testes e não mais em produção.
Eu adicionaria uma etapa de cópia 0 tftp://<tftpserver>/<date><router>.cfg apenas para salvar, especialmente se o roteador não for encerrado em um longo período de tempo.