Há um parâmetro que precisa ser atualizado para ativar o log de consultas lentas e dois que definem como ele funciona:
slow_query_log
: precisa ser definido como 1 para ativá-lo.
long_query_time
: informa que consultas demoradas são registradas.
min_examined_row_limit
: se você se importar menos com o tempo de execução e mais sobre consultas que podem ser de varredura de tabela, definir isso como um valor diferente de zero limitará o que é registrado em consultas que tocam em muitas linhas.