Suponho que você tenha muito disco de E / S devido aos valores muito pequenos de key_buffer_size e innodb_buffer_pool_size . Não há recomendações exatas sobre como ajustá-las, mas você deve observar o seguinte:
key_buffer_size deve ser maior que a quantidade total de índices MYISAM para ajustá-los a todos na RAM.
innodb_buffer_pool_size é bom ser 1.4 * tão grande quanto todas as suas tabelas INNODB, se a RAM estiver disponível.
Você precisa ter muito cuidado ao ajustar os valores join_buffer_size e sort_buffer_size (e outros como read_buffer_size e read_rnd_buffer_size, pilha de linha) porque eles são usados para cada conexão e para um máximo de 500 conexões simultâneas você pode facilmente exceder RAM disponível.
De qualquer forma, você deve iniciar o mysqltuner primeiro e inspecionar minuciosamente cada linha do relatório antes de ajustá-lo. Tenha em mente que as recomendações dadas por mysqltuner são gerais e podem ser inadequadas para o seu caso específico.