Bem, eu consertei sozinho. Eu mudei meu javascript para:
var ws = new WebSocket('wss://domain.com/ws/');
Ativou os módulos proxy executando o seguinte comando no terminal
sudo a2enmod proxy proxy_balancer proxy_wstunnel proxy_http
Adicionadas estas linhas no meu arquivo de configuração virtualhost do Apache ( /etc/apache2/sites-enabled/000-default-le-ssl.conf
)
ProxyRequests Off
ProxyPass "/ws/" "ws://domain.com:5001/"
Serviço de apache reiniciado. E o websocket começou a trabalhar em https.