Isso está quase certamente sendo causado por suas máquinas serem capazes de determinar inconsistentemente a Localização da Rede e, portanto, impor diferentes perfis do Firewall do Windows, e talvez diferentes configurações de VPN, dependendo do seu ambiente.
Isso é mais um problema de arquitetura do que um problema de rede. Você não deve esperar que o Active Directory e os serviços associados, como o NLA, trabalhem atrás de um NAT, quanto mais dois.
O reconhecimento de local de rede faz suas primeiras verificações verificando a conectividade com o último controlador de domínio contatado. Observe que você pode substituir algumas das verificações de NLA usando a Diretiva de Grupo para determinar o local por meio da capacidade de resolver um nome DNS ou a capacidade de se conectar a um ponto de extremidade HTTP acessível somente a partir da LAN corporativa, mas seria melhor atendido por abordando a causa raiz - suas máquinas não podem entrar em contato com um controlador de domínio e, portanto, não funcionam como se estivessem em uma rede corporativa.
O que você precisa fazer é observar sua arquitetura - por que não ter um controlador de domínio somente leitura no site remoto? Essa seria uma maneira segura de os clientes remotos determinarem que estavam de fato conectados à rede corporativa.