Este é um relatório genérico, mas espera-se que o problema que você está enfrentando seja resolvido ou mitigado no próximo servidor gráfico Wayland , também este comportamento não é surpreendentemente novo por causa da arquitetura atual do "sistema GUI" em um ambiente GNU / linux genérico.
Eu pessoalmente mudei para o Gnome-shell e descobri que esta é uma boa solução por enquanto.
O Unity é um grande plugin para o Compiz, que é um projeto inoperante, e depende muito de um ambiente acelerado OpenGL, e isso pode gerar alguns grandes problemas como o que você está descrevendo. Eu acho que o Unity é um dos piores projetos de todos os tempos, eu também acho que um GUI real nunca deveria ser acelerado via Hardware e não deveria ter muitos efeitos e coisas do tipo pseduo-eyecandy.
o servidor X tem alguns pontos fracos bem conhecidos, como este, o problema é que o Wayland estará pronto e totalmente operacional em anos e não em meses (todos os drivers gráficos precisam ser reescritos do zero), por enquanto eu sugiro experimentar um ambiente diferente como o Gnome-shell do Gnome3 ou usar a versão 2D do Unity.